辣椒的移植與其他蔬菜育苗移植有著顯著的不同，因此需要小心謹慎才能避免不應有的損失。
俗話說：「茄子栽莢，辣椒栽花。」移植的辣椒苗齡較大，常常帶著花蕾也進行移植，移植辣椒主要圍繞保根、保苗和保花，確保早熟高產這個目標進行管理，稍有不慎就會造成根系腐爛、緩苗時間延長，影響花芽分化，造成門椒落花落果或者畸形。總結起來，辣椒移植有三大忌，現在分述如下：
一忌諱燒根，保護根系，避免根系受傷、受損或者根系蜷縮
1.忌諱使用未腐熟的農家肥，避免在讀書過程中發熱，產生燒根現象。
2.忌諱在基肥當中加入速效氮肥，避免氮肥濃度過高，產生燒根現象。
3.忌諱不帶土移植。一般選擇育苗盤、育苗盆或者土塊進行育苗移植，在4～5葉期移動育苗盆減少移植時造成根系損傷現象。
4.忌諱苗床或者運輸過程中傷根。移植前7天對苗床通風晾曬，促進根系生長，前1～2天對苗床澆水，溼土移植，移植過程中避免土坨散開，造成根系受損。
5.忌諱移植過程中傷根。提前整平整細土塊，提前起壟、開溝或者挖穴，移植前澆水，避免幹穴移植壓土以後澆水，對根系造成損傷。
避免用大土塊覆蓋幼苗，將育苗盆等放入栽植穴以後用腐熟的農家肥進行覆蓋，起到保墒增溫效果。
如果幼苗較小且不帶根系，每穴澆水半斤左右，或者開溝以後澆水，保持土壤10公分的土層水分含量達到飽和狀態，然後立即擺放辣椒苗，在壟面找到乾燥的小土塊將幼苗壓入泥土，土塊迅速吸水，為辣椒苗根系創造了疏鬆的土壤環境，有利於減輕緩苗。
二忌諱下雨移植，保護葉片和莖杆，避免地上部分萎蔫
1.忌諱過早移植辣椒苗。一般選擇當地晚霜結束以後移植辣椒苗。辣椒苗適宜的生長溫度在15℃以上，在8℃以下停止生長，遭遇0℃以下低溫，就會產生凍害，會造成辣椒幼苗整株死亡。幼苗遭遇1～5℃就會出現寒害，會造成莖葉部分失水，或者地上部分全部倒苗。最早定植辣椒幼苗的時間為當地15天的平均溫度超過10℃以上，土壤溫度在15℃以上，不宜過早。
2.切忌使用隔夜苗。移植的辣椒苗最好隨取隨用，輕拿輕放，運輸過程中用遮陽物蓋住幼苗，避免幼苗萎蔫。
3.忌諱露水未乾以前取苗或者移植辣椒苗，容易造成部分病害傳播。
4.忌諱下雨前移植或者下大雨期間移植，會造成土壤板結和根系生長發育不良現象，緩苗時間長，有時候會出現雨後爆晴，葉片和莖杆萎蔫甚至於青枯現象。
最好選擇晴天下午移植，陰天次之，晴天上午移植容易造成莖杆和葉片臨時性萎蔫，如果氣溫過高會導致莖葉緊貼地面現象，不可恢復生長。
5.忌諱隨意丟棄病苗和弱苗。在移植過程中，會發現部分植株的葉片和莖杆出現病斑、黴層，甚至於腐爛等現象，也會出現蟲害損傷莖杆、根系和葉片現象，更有一部分弱苗和徒長苗，這些幼苗不能隨地丟棄，要統一集中起來，帶出地塊統一銷燬處理。對於零星發生的病害和蟲害需要進行大田區域性防治，避免病蟲害嚴重發生。
6.移植以後如果遇到強光高溫天氣，最好利用樹枝、秸稈、篷布或者遮陽網等進行遮陽2～3天，有助於減輕莖葉萎蔫現象發生，促進緩苗過程。
三忌諱苗齡過大，保護花蕾，避免落花落果
辣椒分為早熟品種和中晚熟品種，開花以前的葉片數量不一樣，移植辣椒的最遲時間是現蕾期，也就是花蕾沒有開始膨大以前。如果開始開花再進行移植，門椒就保不住，很難達到早結果的目的。也只有門椒掛住果，植株的營養生長才能得到控制，營養生長與生殖生長才能達到平衡狀態，植株高度能夠降下來，也能增加結果率。
據悉，一棵辣椒一年可以開花100朵左右，如果不出現落花落果現象，一株辣椒就能結出100個辣椒，產量就非常高了。然而，第一茬露地辣椒的數量最少，但是價格最高，為了確保門椒能夠坐果就必須滿足以下幾個方面的條件：
1.切忌移植大苗。辣椒苗在三葉期就開始花芽分化，保護好根系，就可以有效保證花芽分化不會出現問題。從這個層面來講，辣椒苗並不是越大越好，一般長到5～6片葉就可以移植，千萬不要等到開花以後再進行移植。
有一個有趣的現象，那就是移植幼苗並不會顯著影響早熟，辣椒植株高度明顯降低，倒伏現象減少，且坐果部位降低，坐果率高，產量和品質都會增加。
2.進入現蕾期以後，最低溫度需要保證在15℃以上。如果遇到倒春寒，不但門椒無法保證，整個植株都會被凍死。所以，一定要確保在當地晚霜以後再定植辣椒。
3.辣椒定植以後，不要每天澆水，只要保證第二天清晨的時候，地面有墒情就不需要澆水，中午時間段出現短期的葉片萎蔫現象屬於正常情況。
只要土壤有墒情，根系周圍通透性強，移植當晚就開始產生白色的根系，2～3天以後就會產生大量的根系，這個時候就可以進行澆水了，但不能大水漫灌，以蹲苗為主。
等到產生新葉以後就可以開始補肥，以氮肥為主。
開始開花以後，追施一次硫酸鉀複合肥料，滿足開花結果對於磷鉀肥的需求。進入開開花期以後，就需要保持土壤潮濕，但是不能積水，否則會造成根系腐爛，整片枯死現象。