連作病害又稱作重茬病害，是指辣椒在同一塊地長期耕種所帶來的病害，包括因為連作而導致土壤營養物質不平衡等原因引起的生理病害，以及因病原菌引起的病理性病害，從而對辣椒正常生長形成障礙。
辣椒經多年連作即可引發連作障礙，連作障礙可以造成辣椒減產20%~50%，同時辣椒的品質也會大大降低，從而降低辣椒的商品性。因此，在辣椒栽培上應採取多種技術措施克服連作障礙，以保證辣椒持續增產增收。
一、辣椒連作障礙產生的原因
1、土壤礦物質營養元素缺乏
辣椒連作對土壤氮、磷、鉀等營養元素的不均衡消耗，很容易造成土壤必須礦物質營養含量降低或失去平衡，導致辣椒植株正常的生長發育因為礦質營養缺乏而受到影響。
2、病原微生物傳播和積累
辣椒連作會導致土壤中土傳性病原菌（絕大多數真菌性、細菌性病害和部分病毒性病害，其病菌都是在土壤中或藉助病殘體在土壤中越冬）持續積累。特別是疫病、炭疽病等病源物的積累，很容易導致辣椒發生病害。
3、土壤性質發生改變
常年連作可以改變土壤的結構，造成土壤板結、酸化、鹽漬化加重，土壤的理化性質惡化不利於辣椒根系的生長，辣椒很容易生長異常。
4、作物的自毒作用
前茬辣椒殘茬腐解物有利於病原微生物的生長和繁殖，從而加重了重茬病理性病害的發生和危害。此外，前茬辣椒根系的某些分泌物具有自毒性，能夠抑制辣椒的正常生長。
二、辣椒連作障礙的克服
辣椒連作障礙的克服包括農業措施、物理防治、化學防治、生物防治。
1、農業措施
①選用抗病的辣椒品種
辣椒在育苗的時候儘量選擇抗病能力強、抗逆性強（抗旱、抗寒、抗鹽鹼）、高產優質的辣椒品種。如海明2號、中壽12號、陝椒2003等。辣椒抗病品種可以增強辣椒抗病的能力。
②輪作換茬
重病地可與喬本科、豆科、十字花科、或蔥蒜類作物輪作3~5年。最好進行水旱輪作。或者進行倒壟，即連作田起壟時避開上一年種植的位置。可以減少病害的發生。
③接木育苗
選育抗病能力強、親和能力強的辣椒砧木，利用接木是克服連作障礙非常有效的措施。
④增施有機肥
有機肥肥效緩慢，但是營養更加全面，辣椒在種植的時候要重施農家肥，尤其是基肥中有機肥要施足，可以每畝施優質農家肥6000公斤，或者進行小麥、玉米、或油菜等作物進行秸稈還田。秸稈還田可以有效改善土壤的理化性質，減輕土壤的鹽漬化，增加土壤保肥蓄水的能力，還能起到強化微生物相剋的作用，對防治和抑制有害病菌效果良好。有條件的可以推廣應用秸稈反應發酵堆技術。
⑤適當深耕
深耕應打破犁底層，深耕的厚度在25㎝以上。最好進行冬前深耕，效果更佳。
⑥配方施肥
在種植辣椒的時候根據辣椒對養分的需求規律合理進行配方施肥。適當增加微量元素。微量元素的補給是解決重茬辣椒栽培導致土壤礦物質營養含量降低或者失去平衡的重要手段。已發生酸化的土壤可以每畝用生石灰50公斤與細土混勻施於定植溝內調整土壤pH接近中性。
⑦精細管理
辣椒田間管理上應科學澆水，通風排溼，並進行合理溫度管理，採用高壟覆膜以及合理整枝，及時摘除病葉、病果，清除雜草等。
⑧推廣有機生態型無土栽培模式
該栽培模式的顯著特點在於植株生長發育完全與土壤隔離。有機基質無土栽培技術在棚室辣椒生產的應用，可以消除辣椒連作障礙危害。
2、物理防治
①物理防蟲
夏季利用防蟲網和遮陽網遮陽、降溫。根據昆蟲的趨光性、趨黃性等特點，可在棚室內懸掛黃板、籃板、或黑燈光等誘殺成蟲，以減輕病蟲害傳播的途徑。
②高溫悶棚
定植前高溫悶棚對霜黴病、疫病等主要病害病原菌有很好的殺滅作用。方法：選擇晴天上午澆水後閉棚，待棚溫達到46℃左右後，持續進行悶棚兩小時，之後開始慢慢開啟風口，悶棚後應加強肥水管理。
3、化學防治
①種子處理
種子在育種前必須要對種子進行消毒，先把種子放在乾淨的地方曝曬兩天，然後用1%硫酸銅溶液浸泡種子10分鐘，在把種子上的藥劑清洗乾淨，再放入冷水中浸泡8個小時進行催芽。
幼苗蘸根：辣椒幼苗定植前可以用30%的惡魔靈可溼性粉劑800倍液蘸根防幼苗期死棵。
②培養土的消毒
辣椒育苗前必須要對培養土進行消毒，消毒的具體方法在專欄第二節辣椒育苗的時候已經進行詳細的講解。
③棚室消毒
辣椒種植的棚室也要進行消毒，可用45%四氯異苯腈煙劑或防毒礬煙劑250~300克/畝，在傍晚閉棚後均勻點菸，第二天早晨放風排煙以殺滅病菌，每隔7~10天煙燻一次，連續燻3次。對於蟲害可以用10%敵敵畏煙燻劑或10%氰戊菊酯煙劑，10%滅蚜煙燻劑400~500克/畝來殺滅蟲害。
④土壤處理
定植起壟前，對棚內土壤和棚面用30%惡魔靈可溼性粉劑2000倍液或50%貝芬替可溼性粉劑500倍液加辛硫磷800倍液噴灑地表和棚面，進行殺菌滅蟲。或者每畝穴施50%貝芬替可溼性粉劑4公斤，並與土拌勻。
4、生物防治
①天敵防蟲
可以利用有益天敵草蛉、捕食蟎、麗蚜小蜂等來防治害蟲。
②選用抗重茬劑
辣椒種植前使用抗重茬劑對辣椒連作有較好的緩解作用，常用的抗重茬劑有重茬1號、種茬靈、CM安神力、沃益多生物菌劑等。抗重茬劑在使用的時候要控制使用的濃度，嚴格按照說明書使用。
注意：辣椒定植前土壤消毒與施用生物抗重茬劑或生物菌肥不能同時進行，以免有害和有益微生物菌同時被殺滅，降低作用效果。
總之，辣椒連作栽培會引起嚴重的病蟲害，會大大降低辣椒的產量。對於辣椒連作障礙我們可以通過農業措施、物理防治、化學防治、生物防治來克服辣椒連作障礙，使辣椒連作也能達到高產辣椒。