一般來說是先長根再發芽的，下圖是典型的種子萌發過程，可以明顯看到是先發根的。
種子萌發過程分為4個步驟，包括吸脹，水與酶活化，突破種皮，另外還有長成幼苗。種子想要發芽，必須得吸收水分，這樣才能讓種子數量增加，種子有了透氣性，才可以促進發芽。
另外，種子還需要進行各種呼吸代謝，最終胚胎會突破種皮，慢慢的增長，最終長成幼苗，會長出根，莖以及葉。
種子的介紹：
種子（seed），裸子植物和被子植物特有的繁殖體，它由胚珠經過傳粉受精形成。種子一般由種皮、胚和胚乳3部分組成，有的植物成熟的種子只有種皮和胚兩部分。種子的形成使幼小的孢子體胚珠得到母體的保護，並像哺乳動物的胎兒那樣得到充足的養料。
種子還有種種適於傳播或抵抗不良條件的結構，為植物的種族延續創造了良好的條件。所以在植物的系統發育過程中種子植物能夠代替蕨類植物取得優勢地位。
種子的壽命：
種子成熟離開母體後仍是生活的，但各類植物種子的壽命有很大差異。其壽命的長短除與遺傳特性和發育是否健壯有關外，還受環境因素的影響。有些植物種子壽命很短，如巴西橡膠的種子生活僅一週左右，而蓮的種子壽命很長，生活長達數百年以至千年。
種子的休眠現象：
種子形成後雖已成熟，即使在適宜的環境條件下，也往往不能立即萌發，必須經過一段相對靜止的階段後才能萌發，種子的這一性質稱為休眠。休眠的種子處在新陳代謝十分緩慢而近於不活動的狀態。種子休眠期的長短是不一樣的。
有的植物種子休眠期很長，需要數週乃至數月或數年，也有一些植物種子成熟後在適宜的環境條件下能很快萌發，不需經過一個休眠時期，只有處在環境條件不利的情況下才進入休眠狀態。
種子休眠是，有生命力的種子由於內在原因，在適宜的環境條件下仍不能萌發的現象。休眠是植物在長期系統發育過程中獲得的一種抵抗不良環境的適應性，是調節種子萌發的最佳時間和空間分佈的有效方法。
具有休眠特性的農作物種子在高溫多雨地區可防止穗發芽；某些沙漠植物的種子可以休眠狀態度過乾旱季節，以待合適的萌發條件。
