花椒樹樹形修剪一般有三種，自然開心型、叢狀型、三角形。
花椒樹採用自然開心型修剪方式，經過三年左右的生長就可以養成樹冠。這種樹形修剪方式形成樹冠比較快，豐產早。
該樹形修剪量較小，樹冠成開張狀，冠內通風光照條件好，結果品質好。樹體矮小，便於採摘管理和山地植培。自然開心形修剪方法被廣泛應用於椒園修剪，但是易出現偏冠現象，結果年限也比較短。
（圖） 自然開心形整枝過程
1.定幹 2.第一年夏 3.第一年秋 4.第二年夏 5.第二年秋
6.第三年夏 7.第三年秋 8.第四年夏 9.第四年秋
第一年定杆
栽植後第一年定杆，定杆高度一般在30～50公分。定幹高度根據栽培品種、立地條件、栽培方式、栽植密度而定。立地條件差，栽植密度大，定杆高度宜矮，反之宜高。
等到定杆高度以下10～15公分範圍內有4個以上的飽滿芽時才可以定杆，這些芽子分佈的部位叫「整枝帶」。花椒苗發芽後，及時抹除整枝帶以下的芽，促進整枝帶內新芽生長。
選定主枝
在肥水條件好情況下，6月上旬定杆後的花椒幼樹，新梢就可以長到30～40公分以上。此時可以初步選擇3-5個主枝。其餘新梢全部摘心，當做輔養枝。
冬季修剪，主要是進行主枝的選留、處理輔養枝。幾個主枝間隔控制在15公分左右，向不同方位生長且分佈均勻。主枝和主杆開張角度在35°左右最佳。主枝的水平夾角和開張角度達不到要求時，可採用拉枝、壓枝、支撐等方式調整解決，控制幾個主枝的長勢，保持相同。
培養側枝
夏季主枝長到50-60公分時摘心，促進二次發枝，培養一級側枝。同級側枝選在同一方向 （主枝的同一側）。
冬剪將主枝長度控制在35-50公分範圍內。主枝以外的重疊枝、交叉枝等影響主枝生長的枝條從基部疏除，不影響主枝生長的可適當保留，作為臨時結果枝。
第二年
短截主枝延長枝
各主枝的延長枝短截，保留長度為45～50公分，短截可促進主枝側芽生長，為培養側枝主側枝做準備。
採用強枝短截，弱枝長留的方式使各主枝均衡生長。若競爭枝和延長枝長勢差不多，應重短截競爭枝，一年或兩年後再從基部徹底剪除。
培養主側枝
主枝上的第一側枝一般距主幹30-40公分，最好選留斜平側枝或斜上的側枝。側枝與主枝的水平夾角40°左右最佳。（同級側枝選在同一方向 ，主枝的同一側，防治相互干擾)。
夏季修剪：
主要控制競爭枝和主側枝以外的過旺枝。儘早疏除過旺的競爭枝、直立枝，其餘新枝可在6月15日左右摘心或剪截，促使其萌發新梢，培養成結果枝組。
第三年
第三年樹冠擴張的比較快，枝葉明顯增多。主要任務是培養主枝和側枝、選留主枝上的側枝、保留輔養枝、培養結果枝。
培養第二側枝
將各主枝上的第二側枝剪留50-60公分。控制競爭枝，均衡各主枝的長勢。注意調整各主枝的生長角度和方向，使主枝保持生長旺盛。各主枝上的第二側枝選在第一側枝對面，第二側枝間相距25-30公分，選留的第二側枝方向最好斜上側或向斜平側。
培養輔養枝（結果枝）
第二側枝與主枝的夾角最好控制在45-50度。在不影響主枝生長的情況下儘量多保留骨幹枝以外的枝條，增強樹光合作用能力，迅速擴大樹冠。輔養枝的處理是否得當對產量影響很大，輔養枝數量很大程度會決定產量。