葉子不同、花朵不同、科屬不同、外形不同、習性不同。
葉子不同：芙蓉的葉子形狀為寬卵形至圓卵形或心形，直徑10-15公分，常5-7裂，葉子上有絨毛，而蓮花的葉子為圓盾形，全緣稍呈波狀，它的葉子光滑，表面被白粉，直徑25-90公分。
花朵不同：芙蓉的花朵單生於枝端葉腋間，開花期在8-10月份，初開時顏色為白色或者粉色，後期變成深紅色，而蓮花的葉子生長在水面上，它的開花期在6-9月份，花朵直徑10-20公分。
科屬不同：木芙蓉屬於錦葵目錦葵科木槿花屬；蓮花屬於毛茛目蓮科蓮屬。
外形不同：木芙蓉作為陸生植物，高度在2-5米左右；蓮花是水生植物，其花高托在水面之上。
習性不同：木芙蓉只能地植，喜光喜溫暖不耐寒；蓮花生長離不開水域，對水分的需求較大。
木芙蓉是錦葵科木槿花屬植物，花初開時白色或淡紅色，後變深紅色，直徑約8cm，花瓣近圓形，直徑4-5cm，外面被毛，基部具髯毛；雄蕊柱長2.5-3cm，無毛；花柱5，疏被毛。蒴果扁球形，直徑約2.5cm，被淡黃色剛毛和綿毛，果爿5。種子腎形，背面被長柔毛。
蓮花，又稱荷花，古稱芙蓉、菡萏、芙蕖，毛茛目睡蓮科植物，是多年生草本花卉。單生於花梗頂端，花瓣多數，嵌生在花托穴內，有紅、粉紅、白、紫等顏色。花瓣為水滴形，種子為卵形。性喜相對穩定的平靜淺水、湖沼、澤地、池塘等，喜光，極不耐蔭。
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芙蓉與蓮花的區別