病蟲害的防治是菊花栽培中的重要環節，為提高菊花的觀賞價值，應本著以防為主，防重於治，綜合防治的原則。在防治的過程中，要注意對防治的病蟲不要只使用一種藥物，要用兩種以上的藥物交替使用，以防發生抗藥的現象。
（一） 主要病害及其防治
1 菊花褐斑病， Septoria chrysanthemella Sacc
危害症狀：初發病時葉片上出現圓形或橢園形病斑，病斑大小不等呈黃色或紫褐色，後期轉為暗褐色下陷的病斑，逐漸擴大，嚴重時多數病斑相連，葉面焦枯，而後脫落。
發病原因：發病期為4—10月，以菌絲和分生孢子器在病葉上越冬，借風雨傳播，秋季多雨發病嚴重，植株過密發病也重，氣溫高時發病迅速。
防治方法：及時清除病葉減少病源，選擇健壯母株進行繁殖。澆水時避免弄溼下部葉子，雨後及時排水。定期噴施50%貝芬替800液，或75％四氯異苯腈800倍液，每7－10天一次。
2.菊花花葉病
危害症狀：多表現在嫰葉上，使葉片皺縮畸形，有花葉或植株矮小，發育不良。花瓣染病時會曲折萎縮失去光澤，嚴重時影響正常發育。
病源：菊花B病毒又稱菊花花葉病毒。
發病原因：主要傳播媒介是蚜蟲，錄育蝽，以及人工帶菌操作不注意消毒而傳播，多為接觸感染，發病多在4－6月。
防治方法，及時防治蚜蟲和錄育蝽的危害，發現病株及時拔除。可用鋅錳乃浦可溼性粉劑1000倍液，50％甲基多保淨1200倍葉面噴灑進行消毒，防止傳播，適當降低溫溼度，加強管理，採用健壯菊苗。
3. 菊花鏽病 Puccinia horiana P. Henn.
危害症狀：發病初期在葉面出現小的變色斑，呈黃色鏽斑，逐漸變為褐色，葉背面病斑很多，發病嚴重時會早期枯死。
發病原因：發病期4－10月，一般是越冬病株，來年春季在新苗上發生，由病菌孢子感染，在陰雨天氣易發病。
防治方法：發現病株及時清除，燒掉。選留健壯無病的菊株作母株，培育菊花的圃地，應選擇在陽光充足，排水良好，地勢高的地方。從幼苗期就進行預防，可用1％波爾多液，粉鏽寧3000倍液，甲基多保淨或貝芬替1000倍液10天一次交替噴撒3－5次即可控制病害發生。
4. 菊花白粉病 Oidium chrysanthemi Rabenh.
危害症狀：主要危害菊花葉片，葉柄及嫰梢和花蕾。發病初期，葉片生有圓形粉狀斑，逐漸擴大，發病時葉片象撒了層白粉，葉片扭曲變形，花蕾不能正常開放，嚴重時菊株枯死。
發病原因：發病期8－10月，由白粉病菌侵害發病，隨風雨傳播，發病後產生大量分生孢子和菌絲體，通風不良，光照不足，風雨天氣，易發病。
防治方法：菊苗培育在通風透光處，放置不能太密，防病於苗期開始，可用70%甲基多保淨1500倍液，粉鏽寧3000倍液，貝芬替1000倍液，10天一次，交替葉面噴灑， 3－4次即可防治。
（二） 主要蟲害及其防治
1 硃砂葉蟎 又名葉蟎 etrangchus cinnabarinus （Boisduval）屬蜱蟎目，葉蟎科。成蟲為米紅色，幼蟲為黃白色。
發生規律：多發生在夏季高溫乾燥時期，以7－8月份最為猖獗。葉蟎以口器刺入菊葉肉吸吮葉液，造成葉片幹黃枯死。對菊花危害極大，如防治不徹底，可危害到冬天。更為嚴重的是在開花期葉蟎潛藏於花瓣中，群集拉絲結網，很快使花朵凋殘。
防治方法：清除菊圃內的落葉雜草，冬春季在菊花圃地噴撒波美1－2度石硫合劑1－2次，以減少越冬蟲口密度。3－5月噴撒40%大克蟎1000倍液3－5次，可殺死成蟲和卵，並破壞雌蟲的生殖能力，7－9月蟲害嚴重時用20%滅掃利2000倍液，40%掃蟎淨粉劑2000倍液交替葉背噴撒2－3次效果特好。
2. 菊姬長管蚜 又名 蚜蟲 Macrosiphoniella sanborni (Gillette)
危害症狀：成蟲和若蟲主要集中在嫰梢、葉柄和葉背危害，有時也在花蕾及花冠內危害，蚜蟲以口器刺吸菊株養分，使受害葉片發黃變形、乾枯、脫落，危害花瓣時可使花容減色，很快凋邂。
發生規律：蚜蟲以胎生小蚜蟲的方法繁殖後代，一年約發生十餘代，全年有兩個高發期，分別在4－5月份和9－10月份。
防治方法： 可用40%氧化樂果1000倍液，敵敵畏1000倍液葉面和葉背噴撒，兩種農藥交替使用，可防蚜蟲的抗藥性。蟲害嚴重時可用 ％快靈可溼性粉劑2000－3000倍液噴撒，效果特好。
3 菊潛葉蠅（夾葉蟲） Phytomyza atricornis Meigen
危害症狀：菊潛葉蠅是雜食性害蟲，成蟲在菊葉背面產卵，卵多產在葉片邊緣的葉肉裡，幼蟲孵出後在菊花葉片內潛食葉肉，在菊花的葉片上形成彎曲的潛道，蟲害嚴重時，菊株的所有葉片都被侵害，葉片斑黃枯萎，影響觀賞，如防治不力可蔓延整個菊圃。
發生規律：在3月下旬即有成蟲出現，一年可發生5－7代，蟲害發生期在4－10月份。
防治方法：及時摘除蟲葉燒毀，開花期過後將危害植株全部剪除，燒燬或深埋。潛葉蠅要以防為主，從菊花苗期開時，可用80％敵敵畏1000倍液或40%氧化樂果1000倍液葉面噴灑10－15天一次，交替噴撒4－5次即可防治。如發現葉面出現細小蟲道時，要及時噴藥，可用15%阿維毒乳油1500倍液或0.2%愛諾蟲清乳油1500倍液葉面噴灑，均有很好的效果。
4 小夜蛾幼蟲 又叫土蠶、地蠶 Agrotis ypsilon Rottemberg
小夜蛾幼蟲是一種地下害蟲，危害菊花根莖部及下部葉片。幼蟲體長37－47毫米，體色綠褐。成蟲體長16－23毫米，前翅暗褐色，後翅灰白色。蛹長18－24毫米。赤褐色有光澤。
發生規律：蛹及老熟幼蟲在土中越冬，3－4月大量羽化，以第一代幼蟲發生為數量最多，約在4月下旬―5月上旬危害最重，咬斷菊苗莖基部，造成缺株，主要危害盆栽菊和地植菊的幼苗。
防治方法：及時清除菊圃的雜草，人工捕捉，在蟲害發生時，清晨檢查苗地盆內的斷苗，追蹤捕殺幼蟲。用燈光誘殺成蟲，用90%敵百蟲500倍液噴伴草段，進行誘殺，用地蟲靈或呋喃丹伴土撒在菊苗周圍，效果也很好。
5 螟蟲 又叫食心蟲
發生規律：8－9月間在夜晚飛出，在菊花嫰心裡產卵，幼蟲灰褐色，體長3－10毫米，危害芽心，把嫰心吃光，9－10月危害最嚴重，幼蟲鑽入花蕾蛀食，花蕾一經蟲蛀即告報廢。因此食心蟲是菊花的致命蟲害。
防治方法：8月上旬開始每週噴灑一次45%高效賽滅寧1200倍液，或2000IU/毫升高效科諾千勝懸浮劑（生物殺蟲劑）400倍液葉面噴撒，3－4次，效果很好。9―10月間早上經常檢查，發現被蟲蛀芽頭及花蕾及時摘除，將蟲捕殺，更換側蕾。