同治十二年，也就是1873年，浙江餘杭倉前鎮，一名豆腐店夥計葛品連突然病死。屍體被抬進縣衙時，案子看起來並不複雜：死者家境普通，妻子畢秀姑年輕，鄰里之間又早有關於她與舉人楊乃武來往的傳言。可誰也沒有料到，這樁地方命案後來會牽動浙江官場，直至送到京城，由刑部和都察院重新審理。
案子的起點，不是一場驚天衝突，而是一具沒有被認真檢驗的屍體。
葛品連死後，餘杭縣知縣劉錫彤主持驗看。關於驗屍細節，後來的各種筆記和戲曲說法彼此出入，民間還流傳著「參湯下毒」「錫水澆背」等極具衝擊力的故事。能夠確認的是，地方審理很快把懷疑指向了楊乃武和畢秀姑，並且把兩人的關係解釋成通姦與合謀殺人。
楊乃武當時有舉人功名，在地方上屬於讀書人中的佼佼者。他與葛品連相識，並非因為私情，而是因為姐姐楊淑英的丈夫經營豆腐生意，雙方住處相近，平日有所往來。楊乃武曾到葛家探望病中的葛品連，這一點後來並沒有完全否認，真正的爭議在於：他去時究竟帶了什麼，停留多久，葛品連又是因何死亡。
這些細節，本應通過證人、藥物、屍檢和案發現場逐一核實。
但在晚清州縣司法中，口供往往比物證更受重視。只要縣官認定了方向，剩下的審訊便容易變成尋找「供詞」的過程。畢秀姑先被認定為重要證人，隨後又被當作共同犯罪者。她的身份極其脆弱，丈夫已死，家中沒有可以依靠的勢力，面對縣衙和差役，很難真正掌握自己的命運。
據後來的審理材料，畢秀姑在縣衙中承認與楊乃武有私，並稱楊乃武曾給葛品連送去帶毒的食物。楊乃武則堅決否認，反覆說明自己只是受姐姐所託，送過雞蛋、紅糖等物。雙方口供出現明顯矛盾，但縣衙並沒有因此停止追查，反而把楊乃武的拒不認罪解釋為「抗拒審訊」。
「學生沒有殺人。」
這是楊乃武在多次審問中反覆表達的意思。
縣官並沒有把這句話當作需要核實的線索，而是當作不肯招供的表現。清代審案雖然有一套繁複律例，但地方官在實際辦案時擁有很大的操作空間。尤其是人命案件，一旦形成初步判斷，辦案者往往更關心如何把案卷做成，而不是如何保留疑點。
楊乃武身為舉人，依法並不能像普通百姓一樣隨意受刑。按照清代制度，擁有功名者若要動刑，通常需要經過相應程式，先行革除功名或取得許可。可在這樁案子中，楊乃武仍在舉人身份之下遭受刑訊。關於刑罰的具體方式，後世記載多有誇張和混雜，某些情節很可能是民間演繹，但他遭到嚴酷逼供，並因此留下傷勢，基本沒有疑問。
更嚴重的是，刑訊沒有製造真相，只製造了更整齊的供詞。
楊乃武被定罪後，案件並未在餘杭縣止步。他的家人不相信判決，尤其是妻子詹綵鳳和姐姐楊淑英，開始設法向上申訴。清代申訴有嚴格的層級，從縣到府，再到省，若地方審理不能解決，還可以向更高層級遞呈。每往上走一步，都意味著得罪原審官員，也意味著申訴者可能被扣上「越訴」甚至「誣告」的罪名。
楊家沒有太多可用的資源，只能依靠狀紙、親屬和不斷奔走。
在杭州府複審時，案件出現了一個關鍵變化。楊淑英出面說明，楊乃武去葛家那天，是受她囑託送東西，並非攜帶毒藥。她對時間、物品和行蹤的陳述，與楊乃武的說法能夠相互印證。可這類證詞並沒有立即推翻原判，因為地方官已經把案件寫成了「姦情殺人」，任何不利於原判的細節，都可能被視為替親屬開脫。
浙江巡撫楊昌濬接觸到案卷後，也沒有及時糾正地方審判中的疑點。一個知縣、一名舉人、一個普通婦人，本來只是地方層面的糾紛，卻因為上下官員之間的維護和推諉，逐漸變成了誰也不願輕易承認錯誤的官場難題。
有意思的是，案子越往上報，卷宗中的話越像事實，真正的證據卻沒有增加多少。
楊乃武被判處斬監候，畢秀姑也被判重刑。這裡的「監候」，並不等於立即執行，而是列入死刑複核程式，等待刑部核准。正是這個程式，為後來翻案留下了縫隙。清代死刑案件需要層層複核，案情越重大，越不能只憑地方一紙結論草草結束。
此時，楊家把目光投向京城。
關於詹綵鳳是否真的滾過釘板，歷史資料中的說法並不完全一致。後世戲劇和小說把這一情節描繪得極為慘烈，形成了廣泛流傳的故事形象，但清代正式檔案未必能支援所有細節。可以確認的是，楊家女眷確實長期奔走申訴，地方社會也因這樁案件形成了強烈輿論。一個普通家庭為了救人，不斷把案子向更高層捅去，這種堅持本身，就讓案件獲得了超出地方範圍的關注。
京控材料送到都察院後，朝廷官員開始重新審視案卷。疑點很快顯現出來：第一，楊乃武始終沒有承認殺人；第二，關鍵指控主要依賴畢秀姑的口供；第三，所謂毒物來源、投毒過程和死亡原因，都缺少足夠紮實的旁證；第四，地方審訊中存在越過程式動刑的情況。
任何一項單獨擺出來，或許都不足以推翻判決，放在一起，卻足以說明原案不能成立。
這時，清廷內部也需要處理一個現實問題。案件已經傳入京城，浙江官員之間互相照應的情形若被坐實，受損的不只是某個知縣，而是朝廷處理地方司法的威信。對慈禧而言，審理此案既是回應輿論，也是整頓地方官場、敲打相互庇護勢力的一次機會。
所以，所謂西太后三次下旨，不能簡單理解為她每次都親自審問案情。根據清廷辦案程式，案件經歷了多次發回重審、提審和複核，宮中諭旨起到了推動作用。民間敘述為了突出戲劇性，往往把這些不同環節概括成「三次下旨」，但具體次數在不同記載中並不完全一致。真正重要的，是案件終於擺脫了原審地方官的控制。
同治十三年，也就是1874年，刑部和都察院對案件進行會審。楊乃武、畢秀姑以及涉案官員和相關證人，陸續被提到京城或接受調查。審理不再圍繞「你認不認罪」展開，而是追問葛品連死亡前後的行動、地方官是否依法辦案，以及畢秀姑的供詞究竟是怎樣形成的。
審訊方式一變，案情便露出了原來的裂縫。
畢秀姑在重新審問時，推翻了此前部分供述。她說明，自己受到地方勢力威脅，曾被要求把責任推給楊乃武。至於葛品連死亡的直接原因，後來審理中也出現了被劉子翰等人毆打、推搡後病情惡化的說法。不過，這些內容同樣存在證據層面的複雜性，不能把所有細節都當作完全無爭議的事實。
可以確定的是，劉錫彤之子劉子翰與葛品連、畢秀姑之間確有矛盾，劉家管家沈彩泉也被捲入其中。劉錫彤在審理過程中沒有依法避嫌，反而壓制疑點、急於結案。父子關係與地方權力交織在一起，使原本應該獨立的司法判斷失去了公正基礎。
會審官員追問劉錫彤時，最關鍵的問題不是「楊乃武有沒有私情」，而是：「你憑什麼在證據不足的情況下定罪？」
劉錫彤很難回答。
當刑訊、越權和偏袒被一層層揭開，原判自然失去了成立基礎。案件後來改判，楊乃武獲釋並恢復舉人功名；畢秀姑因受脅迫等情節獲得從輕處理；劉錫彤、劉子翰以及相關人員受到懲處。浙江巡撫楊昌濬也因在案件中的失察和袒護受到朝廷追究。
楊乃武案之所以轟動，並不只是因為有「舉人」「少婦」「毒殺」這些容易吸引目光的字眼，而在於它集中暴露了晚清司法的幾層弊病：地方官急於結案，上下級官員相互庇護，刑訊取供代替證據審查，弱者的陳述又常常被當作不可靠。
這樁案件還留下一個容易被忽略的細節。楊乃武雖然平反，人生卻沒有恢復原狀。長期關押和刑訊給他的身體造成傷害，功名恢復也無法彌補家庭在數年間承受的損失。畢秀姑同樣沒有真正成為勝利者，她既是錯誤供詞的參與者，也是地方權力壓迫下的受害者。
案卷裡寫滿了「供認」「驗看」「申訴」「複審」，每一個詞背後，都是一個普通人在制度縫隙中掙扎。案件最後能夠翻轉，靠的不是某個神奇人物突然發現真相，而是家屬持續申訴、案卷進入更高層級、程式重新啟動，以及京城官員開始認真檢查原審漏洞。
這也是「楊乃武與小白菜」故事能夠流傳百餘年的原因。民間記住了傳奇情節，檔案留下的卻是另一種冷峻事實：一樁命案只要失去最初的公正，錯誤就會沿著公文和官印不斷向上擴散；而要糾正它，往往要付出數年時間，甚至付出數個家庭難以承受的代價。
1876年前後，相關審理和善後基本告一段落。餘杭倉前鎮那場命案，終於從地方縣衙的案桌上移入清代司法史，卻也把一個問題留在了卷宗裡：當口供可以被逼出，官府可以先定方向，普通人究竟要走多遠，才能讓一句「冤枉」真正被聽見。