土壤消毒是通過向土壤中施用化學農藥，破壞、鈍化、降低或除去土壤中所有可能導致動植物感染、中毒或不良效應的微生物、汙染物質和毒素的措施和過程。一般在作物播種前進行。除施用化學農藥外，利用乾熱或蒸氣也可進行土壤消毒。
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常見土壤消毒方法
一、高溫處理
1、日光消毒。
將配製好的培養土放在清潔的混凝土地面上、木板上或鐵皮上，薄薄平攤，曝曬3—15天，即可殺死大量病菌孢子、菌絲和害蟲卵、害蟲、線蟲。
2、蒸氣消毒。
（1）鍋蒸消毒法：把培養土放入蒸籠內，加熱到60—100℃，持續30—60分鐘（加熱時間不宜太長，以免殺死能分解肥料的有益微生物，影響植物的正常生長發育）。
（2）消毒櫃消毒法：先將一個大汽油桶或箱子等帶蓋容器改裝成蒸氣消毒櫃，再從其壁上通入管子，與蒸氣爐（暖氣鍋爐等）接通。將培養土裝入櫃（桶）內，開啟進氣管閥門，讓蒸氣進入土層的間隙，注意不要封蓋太嚴，以防爆炸。30分鐘後可殺滅大部分細菌、真菌、線蟲和昆蟲，並使大部分雜草種子喪失活力。
3、水煮消毒。
把培養土倒入鍋內，加水煮開30—60分鐘，然後濾去水分晾乾到適中溼度即可。
4、火燒消毒。
（1）炒灼法：保護地苗床或盆插、盆播用的少量土壤，可放入鐵鍋或鐵板上加火燒灼，待土粒變幹後再燒0.5—2小時，可將土中的病蟲徹底消滅乾淨。此法的好處還在於可將土壤中的有機物燒成灰分，使插枝或播種基質更加純潔，從而防止幼苗或插條發黴腐爛。
（2）燃燒法：在露地苗床上，將乾柴草平鋪在田面上點燃，這樣不但可以消滅表土中的病菌、害蟲和蟲卵，翻耕後還能增加一部分鉀肥。
二、藥劑處理
1、甲醛（福爾馬林)
（1）每平方米50毫升甲醛，加水6—12升或每0．1平方米40%甲醛40毫升，加水1—3升。播前10—12天用細眼灑壺或噴霧器噴灑在播種地上，用薄膜嚴密覆蓋，勿使通風，播前一週再揭開，使藥液揮發。
（2）每平方米培養土中均勻灑上以40％甲醛400—500毫升加水50倍配成的稀釋液，然後堆土，上蓋塑膠膜，密閉24—48小時，去掉覆蓋物，攤開土，待甲醛氣體完全揮發後便可。
（3）用0.5%甲醛噴灑床土，拌勻後堆置，用薄膜密封5—7天，再揭去薄膜，令藥味揮發。
（4）砂石類基質可直接用50—100倍甲醛液浸泡2—4小時，排除藥液後再用清水沖洗2—3遍。
2、硫磺粉
用硫磺粉進行土壤消毒，既可殺死病菌，又能中和土壤中的鹽鹼，因此多在北方使用。
（1）在翻耕後的土地上，按每平方米25—30克的劑量撒入，並翻地。
（2）每平方米培養土施入硫磺粉80—90克混勻。
3、石灰粉
用石灰粉進行土壤消毒，既可殺蟲滅菌，又能中和土壤的酸性，因此多在針葉腐殖質土中和南方使用。
（1）在翻耕後的土地上，按每平方米30—40克的劑量撒入石灰粉消毒。
（2）每平方米培養土中施入石灰粉90—120克，並充分拌勻。
4、貝芬替
每平方米培養土施50％貝芬替粉40克，拌勻後用薄膜覆蓋2—3天，揭膜後待藥味揮發掉即可。
5、鋅乃浦
每平方米培養土施65％鋅乃浦粉劑60克，拌勻後用薄膜覆蓋2—3天，再揭去薄膜，待藥味揮發後使用。
6、五氯硝基苯混合劑
五氯硝基苯混合劑是以五氯硝基苯為主要原料，加入鋅乃浦或蘇化911、敵克松等配成的混合劑。其配比一般為五氯硝基苯3份，其它藥1份。每平方米用量4—6克，與細沙混勻施入播種溝，播後用藥土覆蓋種子。
7、蘇化911(基硫化胂）
每平方土壤施入30%蘇化911粉劑2克。使用方法同五氯硝基苯混合劑。
8、敵克松
敵克松對某些水生黴菌、疫黴菌和腐黴菌有較好的防治效果。
（1）每平方米土壤用量為4—6克，使用方法同五氯硝基苯混合劑。
（2）每平方米苗床撒施20克70%敵克松粉，輕耙一次後使用。
9、硫酸亞鐵（黑礬）
一般用粉劑，也可用其水溶液進行消毒。
（1）雨天用細乾土加入2%—3％的硫酸亞鐵製成藥土，按每平方米100—200克撒入土中。
（2）將硫酸亞鐵配成2%—3％的溶液，每平方米用9升。
10、滅達樂、鋅錳乃浦
每平方米苗床用25％滅達樂可溼性粉劑9克，加70％鋅錳乃浦可溼性粉劑10克，對細土4—5千克拌勻，1／3在種子下面。即撒即播，播後將其餘的2／3蓋在種子上面。
11、氯化苦
將培養土或基質一層層堆放，每層20—30公分，每層每平方米均勻撒佈氯化苦50毫升，最高堆3—4層，快速堆好後用薄膜蓋好密閉。氣溫在20℃以上時保持10天，15℃以上時保持15天，然後揭去薄膜，多次翻動，使氯化苦充分散盡即可。
12、四氯異苯腈
45％四氯異苯腈煙劑每平方米1克燻棚5小時。
13、辛硫磷
苗圃土壤地下害蟲嚴重時，可用50％辛硫磷0.1千克，加餌料10千克製成毒餌，撒在苗床上誘殺。
14、敵百蟲
苗圃土壤地下害蟲嚴重時，可用90%敵百蟲晶體0.5千克，加餌料50千克製成毒餌，撒在苗床上誘殺。
其它如石灰氯、溴甲烷、免賴得等也可用作土壤消毒劑。
消毒時要戴上口罩和手套，防止藥物吸入口內和接觸皮膚，工作後要嗽口，並用肥皂認真清洗手臉。
三、器械處理
1、微波消毒機
用30KW高波發射裝置和微波發射板組成的微波消毒機，可對保護地內床土消毒。
2、火焰土壤消毒機
該機以汽油作燃料加熱土壤，可使土壤溫度達到79℃—87℃，既能殺死各種病原微生物和草籽，又能殺死害蟲，卻不會使土壤有機質燃燒，效果比較理想。