1、選株、選穗：：將長勢較好、株高相當的植株當作留種苗，待第2-3個果穗上的果實成熟後，摘下果面光滑、臍小肉厚的果實留作種用。
2、挖籽：將種子連同膠液一同挖出，放入塑膠盆中。
3、發酵：蓋好盆蓋，並在室內放置2-3天。
4、淘洗：將適量清水倒入種液中，拌勻後淘洗種子。
5、儲存：將種子曬乾，放在紙袋中儲存，然後在標籤上寫明相關資訊。
一、西紅柿留種方法
1、選株
將長勢良好、株高一致、花序著生部位適中、主要性狀符合本品種特徵特性的植株作為留種苗。
2、選穗
（1）選好單株後，採摘第2-3個果穗上面的成熟果實，並將色澤新鮮、果面光滑、果形大而整齊、臍小肉厚、蒂部無裂紋的果實留作種用。
（2）採摘後，將果實放置2-3天，促使它們充分成熟。
3、挖籽
洗淨果實，於中部橫切成兩半，再將種子連同膠液一同挖出，倒在沒有水的容器中（防止種子發芽）。
4、發酵
蓋好蓋子並在室內放置2-3天，待種液表面出現白色菌膜、種子與膠狀物容易分離時，即代表已完成發酵。
5、淘洗
（1）將等量的清水倒入發酵好的種液中，隨即充分攪拌。
（2）倒掉上層的浮液，再次新增清水，然後將種子淘洗2-3遍。
（3）若種子表面的膠狀物不易脫落，可手動搓洗後再淘乾淨，淘淨後攤放在紗布上晾曬，期間要定時翻動，讓種子均勻乾燥。
6、儲存
將種子的含水量曬至12%以下時，裝入紙袋或布袋中，然後在標籤上寫明品種、來源、質量、採種年月等資訊，並掛在袋上，袋內也可儲存一份，避免拿錯。
二、西紅柿種子幾天能發芽
1、經過浸種、催芽的西紅柿種子，通常經過2-3天左右便可發芽。
2、對種子做浸種、消毒處理可以促使幼胚迅速發育，催芽期間要保持適宜的溫溼度及空氣環境，溫度一般可保持在25-30℃，相對溼度要超過90%。
3、洗淨種子後，按照種子：乾淨河砂＝1：1.5的比例拌勻，拌好後裝入素燒盆中，然後覆蓋溼沙或溼布，再置於適溫處催芽。
4、催芽期間要時常翻動種子，每天用30℃左右的溫水將種子沖洗1-2次，然後再甩幹種子表面的水分（或稍加晾曬）繼續催芽，這樣能夠保持種子的溼度，讓種子接觸到新鮮空氣，促使它們均勻發芽。